A ilha de Honshu, com 231.000 quilômetros quadrados, é maior do que a Grã-Bretanha e muito mais densamente povoada: 404 pessoas por quilômetro quadrado. É dividida por uma cordilheira montanhosa em várias regiões sobrepostas, mas distintas, cujas características dependem da latitude e do mar para o qual se encontram voltadas. As planícies costeiras de Honshu foram durante séculos o lugar privilegiado da cultura do arroz, bem como também um local de concentração urbana e de grande desenvolvimento industrial.

 A parte nordeste de Honshu compreende os distritos de Aomori, Iwate, Akita, Yamagata, Miyagi e Fukushima é conhecida por Tohoku ou região nordeste. Tradicionalmente conhecido como o celeiro do Japão, continua a ser uma zona predominantemente agrícola, abastecendo Sendai e o imenso mercado de Tokyo de arroz e outros gêneros.

 Os invernos longos e frios tornam difícil as duas colheitas anuais e os agricultores são geralmente menos prósperos que os do sudoeste. Madeira para construção e pesca são importantes, bem como a alta tecnologia industrial. O turismo também é uma indústria de relevo: as ilhas da baía de Matsushima, o lago Towada, o Parque Nacional da Faixa Costeira de Rikuchu e o Parque Nacional de Bandai-Asahi atraem muitos visitantes. O vulcão do monte Bandai (1819 m) continua ativo e em 1888 mais de quatrocentas pessoas morreram por causa de uma erupção. A maior cidade da região de Tohoku é Sendai, que cresceu à volta do castelo feudal do Lorde Date Masamune (1567-1636). É uma cidade industrial e universitária.

 Kanto, ou seja, "leste da barreira", compreende mais dois distritos à volta de Tokyo na grande planície de Kanto; distrito de Kanagawa, distrito metropolitano de Tokyo, Saitama, Gumma, Tochigi, Ibaraki e Chiba. As ilhas de Izu e Bonin são parte administrativa do distrito metropolitano de Tokyo. Tendo sido no passado o centro do poder feudal, atualmente Kanto é o núcleo do desenvolvimento do Japão moderno. A conurbação Tokyo-Kawasaki-Yokohama é o maior centro populacional e a zona mais industrializada do Japão, o local onde se encontra a sede do governo e onde também se verifica uma concentração das universidades e da vida cultural.

 A maior parte da planície de Kanto tem sido invadida por construções residenciais, comerciais e industriais, mas o que ainda resta continua a ser intensamente cultivado. Ainda existem amoreiras, a base de uma pequena indústria de bichos-de-seda.

 Chubu, ou região central, fica entre o mar do Japão e a costa do Pacífico, passando pelos Alpes Japoneses, onde se podem encontrar os cumes mais elevados do país. Esta região inclui os nove distritos de Niigata, Toyama, Ishikawa, Fukui, Nagano, Yamanashi, Gifu, Shizuoka e Aichi. Os quatro primeiros também são conhecidos com o nome de "Hokuriku". O clima é variado. Os Alpes do Japão dividem o país em duas partes, a zona soalheira do Pacífico, também conhecida como a frente do Japão, omote-Nihon, e a zona do mar frio do Japão, ura-Nihon, ou as costas do Japão. Historicamente, a costa do mar do Japão tem sido mais próspera do que a do Pacífico. A região de Hokuriku é uma das maiores zonas de produção de arroz, juntamente com o distrito de Niigata, que é o maior produtor. A zona do Pacífico é geralmente mais soalheira e seca. A região é famosa pelas laranjas e pelo seu chá e Yamanashi produz uvas e pêssegos. O distrito montanhoso de Nagano, "a Suíça do Japão", foi famoso pela sericultura antes da Segunda Guerra Mundial, mas atualmente é conhecido principalmente pelo turismo e pela fruta.

 A maior cidade e centro industrial na zona do Pacífico na região de Chubu é Nagoia. Situada na velha rota de Tokaido, Nagoia desenvolveu-se a partir do século XVII como uma cidade fortificada da família Owari. Em 1692 tinha cerca de 40.000 pessoas. Nos finais do século XIX, Nagoia era um importante entroncamento de linhas férreas entre Tokyo e Osaka.

 Destruída durante a Segunda Guerra Mundial, foi completamente reconstruída e floresceu como um dos maiores centros de produção automobilística. Entre as cidades importantes da região de Hokuriku estão Niigata e Kanazawa. Kanazawa, capital do distrito de Ishikawa, surgiu a partir dos finais do século XVI como uma cidade fortificada da abastada família Maeda. Parcialmente bombardeada durante o último conflito mundial, é hoje um centro de artesanato. Com as suas velhas residências samurais, a cidade é uma imagem do que foi o velho Japão feudal.

 As cidades de Osaka, Kyoto, Kobe e Nara constituem o coração da região de Kansai, "oeste da barreira". As formas de falar, a alimentação e os costumes diferem da região de Kanto. Kyoto combina um passado opulento (foi a capital do Japão de 794 a 1868) com um presente próspero como cidade universitária, centro de produção de artesanato e núcleo de uma nova indústria de alta tecnologia. É uma cidade de calmos templos e palácios, mas cheia de comércio, artesanato, centros de investigação e com uma alta tecnologia no que diz respeito à cerâmica e a outros materiais.

 Em Kansai, as prefeituras de Shiga, Mie, Kyoto, Nara, Osaka, Wakayama e Hyogo formam o distrito de Kinki. O centro industrial da região é Hanshin, cujo cinturão industrial passa pelas cidades de Osaka e Kobe. Osaka foi construída num delta formado pelos rios Yamato e Yodo. Foi chamada "a cidade das 808 pontes" ou a "Veneza do Japão", mas perdeu a maior parte da sua rede de canais com o desenvolvimento urbano. Desde o século XVII que Osaka é um centro de comércio, o mercado principal de arroz, a "cozinha do Japão", e é uma cidade vibrante de cultura urbana. No período moderno, tornou-se um porto comercial e uma cidade comercial logo a seguir a Tokyo. Kobe é o porto internacional mais importante no oeste do Japão. Desde o século III é conhecido como um porto natural de águas profundas, tendo desempenhado um papel fundamental no comércio internacional ao longo da história do país. Kobe ainda mantém vários edifícios de estilo ocidental, conferindo à cidade um aspecto cosmopolita.

 A parte ocidental de Honshu é conhecida por Chugoku, ou a região das prefeituras centrais, compreendendo as cinco prefeituras de Tottori, Shimane, Okayama, Hiroshima e Yamaguchi. A região é dividida pela cadeia montanhosa em duas partes distintas: Sanin, "na sombra das montanhas", no norte, virado para o mar do Japão e Sanyo, "o lado soalheiro das montanhas", de frente para o mar interior. Esta região, incluindo Sanyo, registrou um rápido desenvolvimento: por exemplo, Hiroshima, que foi devastada pela bomba atômica em 1945, é agora uma cidade industrial com aproximadamente um milhão de habitantes. Por contraste, Sanin é menos industrializada e assenta mais na madeira para construção, gado e pesca.